Ökaryotik hücreye göre daha basit yapıda olan prokaryotik hücre yalnızca bakterilerde bulunur. Doğada var olan diğer organizmalar ise ökaryotik hücre yapısına sahiptir.
                                    

Ökaryotik hücrede bulunup prokaryotlarda bulunmayan özellikler:
*Hücrede, çekirdek adı verilen ve bir zarla sitoplazmadan ayrılan bir bölümün bulunması, Çekirdek zarında bulunan karmaşık yapılı porlar (delikler).
*DNA ile birlikte mitoz bölünme sırasında sıklaşabilme özelliğine sahip proteinlerin bulunması.
*Karmaşık yapılı zarsı sitoplazmik organellerin bulunması.
*Oksijenli solunum özelleşmiş sitoplazmik organeller: mitokondri.
*Fotosentez için özelleşmiş stoplazmik organeller: kloroplast.
*Karmaşık yapılı hücre iskeletinin (sitoskeleton) bulunması. (Mikrofilamentler, ara filamentler ve mikrotübüller.)
*Daha karmaşık kamçı (flagella) yapısı.
*Hücre zarıyla kesecikler oluşturarak sıvı ve katı maddeleri hücre içine alabilme yeteneği. (Endositoz ve Fagositoz.)
*Bitkilerde selüloz içeren hücre duvarı.
*Hücre bölünmesi sırasında kromozomların ayrılmasını sağlayan ve mikrotübül yapıda olan iğ iplikleri.
*Diploidlik:her hücrede bir genin iki kaypa halinde bulunması.
*Mayoz bölünme ve döllenme gerektiren eşeyli üreme.